1，雏形：1991 年
1991 年底，国家经济体制改革委员会分配司与国家工商行政管理局个体私 营经济司联合组织了对 13 个省市和 6 个计划单列市私营企业的抽样调查，是为 第一次全国调查的雏形；一共调查了 1187 位私营企业主。这次调查的结果汇编为国家经济体制改革委员会、国家工商行政管理局编的《中国个体私营经济调查》， 由军事谊文出版社 1993 年出版。时任国家工商行政管理局副局长甘国屏题写了书名。责任编辑为符学东、戴建中、桑林。
2，发起：1993 年
1992 年春夏间，中央政策研究室先后于北京和河北（涿州）召开了两次小 型座谈会，1993 年冬季又在杭州召开了50 人左右的研讨会。全国工商联也于1992 年 8 月，邀请 100 多人在香山饭店召开了 5 天研讨会。这些会议，除形成一些政策性建议外，就是在组建全国性学术团体方面，达成了共识，建议由中央统战部、中央政策研究室、国务院研究室、中央宣传部、国家工商局、全国工商联、中国社会科学院等单位有关人员组成筹备小组，在李定、晓亮、陆学艺、胡德平、王超平等参与组织下，筹备多年的“中国民（私）营经济研究会”，于 1993 年 5 月 25 日由民政部批准，5 月 31-6 月 2 日在太原召开成立大会。研究会理事由三部分人组成，即理论工作者、政策研究者和私营企业投资者，160 多人。
1993 年春天，由中国社会科学院社会学所张厚义研究员牵头，戴建中教授、工商联研究室负责人参加，共同申报的《中国私营企业主阶层研究》课题，被国家社会科学研究基金批准立项，并且完成了课题研究方案，抽样调查问卷的设计。在中国民（私）营经济研究会成立大会闭幕后，课题组将省、市（计划单列市） 工商联研究室主任和部分地区的副会长留下，作为抽样调查骨干进行培训，根据各地私营企业登记的实有户数按 1%比例分发问卷。散会后，各省市即组织具体实施。秋冬季收回有效问卷 1440 份。对问卷数据进行分析处理后，由戴建中教授执笔写成《全国首次私营企业抽样调查的数据及分析》研究报告，将其择要上报中央统战部、全国工商联领导后，再对全文加工、润色，形成一篇有资料、有分析、有观点的研究报告，刊登于《中国私营经济年鉴》（创刊号）和《中国社会科学》（1994 年第 4 期），后又翻译成英文，分两期刊登《中国社会科学》（英文版），引起国内外学者的关注。
3，演变与制度化：1995 年-2000 年
1993 年第一次调查的正式名称为“私营企业调查”，由中国社会科学院社会 学研究所与全国工商联研究室共同主持。自 1993 年之后议定：今后每两年进行一次全国抽样调查。1995 年第二次调查更名为“非公有制经济代表人士调查”，改由中共中央统战部和全国工商联共同主持。
1997 年的调查由中国社会科学院社会学研究所张厚义研究员筹集经费以 “中国私营企业课题组”的名义进行。
从 2000 年起，在中国私营经济研究会第二任会长保育钧主持下，全国抽样调查逐渐制度化、规范化。2000-2002 年的两次调查的单位则变更为中央统战部、全国工商联和中国民（私）营经济研究会。
4.成型：2004 年-2016 年
从 2004 年起，历年调查由中央统战部、全国工商联、国家工商行政管理总局、中国民营经济研究会四家单位主持，调查的正式名称固定为“全国私营企业调查”。全国工商联研究室、国家工商总局个体私营经济监督管理司、中国民营经济研究会秘书处、中国社会科学院社会学所四家单位具体组织实施。中央统战部、全国工商联列入年度工作计划，提供调研经费。
来自中国社会科学院社会学所、北京市社会科学院、北京理工大学等学术团体和高等院校的专家自创立起即参与此项调查的设计与写作工作；有关部门负责人审阅定稿，再具体组织实施。每次问卷内容，除基本部分外，都有增删。
该调查在实际执行层面依托各省（区、市）工商联和工商局力量，在全国范围内开展。
5.传承与创新：2018 年
2018 年适逢本调查 25 周年。
调查团队进行了一系列的回顾和创新工作。包括：由中国社会科学院出资，聘请国家图书馆对历年调查的使用情况进行了文献计量分析；设计了调查的logo；恢复中国社会科学院为调查主持单位之一；建设调查网站（https://cpes.zkey.cc/）。